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  据王力荣研究员介绍,研究团队以336份桃种质资源为材料,通过全基因组深度重测序鉴定到20多万个结构变异。在此基础上,解析了桃基因组的结构变异特征,发现高达98%的基因上有结构变异的发生;开展了果实成熟期、果实形状、近核处颜色等26个农艺性状的全基因组结构变异关联分析,发掘了多个农艺性状的关键基因及其遗传变异机制。蟠桃是桃的变种,因其果型独特,味甜汁多受到人们的喜爱,但蟠桃扁平果实形成的分子机理一直不明确。该研究明确了控制蟠桃形状的 PpOFP1 ,并发现蟠桃基因组中均含有一个1.67-Mb染色体倒位,而普通桃中则没有,正是该染色体倒位变异导致桃由圆变扁。另外,该研究还发掘了控制桃近核处果肉颜色的 PpMYB10.1 及启动子区487-bp缺失变异,控制果实成熟期的 PpNAC72 基因及编码区9-bp插入变异。该研究发掘的优异基因对桃分子育种平台的建立提供了重要材料。此前该团队基于SNP变异开展了桃的遗传演化及农艺性状关联分析,但基于SNP变异的关联分析在基因发掘方面需要大量的后期工作,而此研究证实基于结构变异的全基因组关联分析比SNP的关联分析对候选基因的确定更加高效,为后续优异基因的发掘提供了重要参考。

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  yuanwenlianjie:http://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02169-y

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